Préparer le Québec et le réseau de la santé aux prochaines vagues du coronavirus

Simon Grandjean Lapierre

Crédit : CRCHUM

Au plus fort de la pandémie de COVID-19 au printemps dernier, les Québécois les plus vulnérables étaient ceux qui se trouvaient à l’hôpital ou dans des centres d’hébergement et de soins de longue durée, où la transmission asymptomatique a contribué de façon significative à la propagation de la maladie. 

Comment alors déterminer rapidement si une éclosion nosocomiale, c’est-à-dire en milieu de soins, découle d’une transmission survenue au sein de l’établissement ou si elle provient de la communauté? 

«Répondre à cette question permettra de mieux comprendre les modes de transmission de la COVID-19 dans chacun des établissements afin de protéger plus adéquatement nos patients et nos soignants», assure le D^r Simon Grandjean Lapierre, du Centre de recherche du Centre hospitalier de l’Université de Montréal (CRCHUM). 

Avec cinq autres chercheurs et chercheuses du CRCHUM, il s’affaire à mettre en place un outil moléculaire de séquençage du génome du SRAS-CoV-2 pour différencier les éclosions nosocomiales des cas d’infections communautaires ‒ et ainsi instaurer plus rapidement des stratégies de prévention adaptées à chaque milieu. 

La prévention va s’avérer cruciale dans les milieux de soins au fil des prochains mois: en effet, au cours de la première vague, 25 % des cas de COVID-19 déclarés au Québec ont concerné le personnel médical, selon les données du ministère de la Santé et des Services sociaux rapportées par Le Devoir en juin.

Un virus qui change de forme

Isabelle Hardy

Crédit : CRCHUM

Depuis le début de la pandémie, survenue à la fin de l’hiver dernier, le matériel génétique du coronavirus s’est transformé. Dans le jargon médical, un virus dont l’ADN ou l’ARN se modifie est dit polymorphe, c’est-à-dire qu’il change de forme avec le temps. 

Pour repérer ces modifications génétiques, l’équipe du CRCHUM s’appuie sur un protocole de typage moléculaire qui est déjà utilisé un peu partout dans le monde, dont à l’Université de la Colombie-Britannique, qui collabore aux travaux du D^r Grandjean Lapierre. 

Essentiellement, ce typage consiste à séquencer l’ARN du virus pour déterminer l'ordre d'enchaînement de ses nucléotides ‒ les éléments de base de l’ARN: il est ainsi possible de savoir comment il se transforme. 

Ces derniers mois, les chercheurs et chercheuses ont recueilli les génomes du virus à partir d’échantillons nasaux prélevés sur une centaine de patients et de travailleurs de la santé dont plusieurs étaient soupçonnés d’avoir contracté la COVID-19 en milieu de soins. Ces génomes seront comparés avec ceux de personnes infectées dans la communauté afin de vérifier si ces derniers sont différents de ceux des participants à l’étude. 

«Cette comparaison permettra de réfuter ou de renforcer l’hypothèse de la transmission virale, précise Isabelle Hardy, docteure en biologie cellulaire et moléculaire et cochercheuse de l’étude. Pour chaque date de prélèvement, nous vérifierons quel coronavirus circulait au même moment dans la population ainsi qu’en milieu de soins et chaque petite différence entre les génomes nous éclairera sur la façon dont les éclosions sont survenues.» 

«À court terme, l’implantation de cet outil permettra de réviser au besoin l’allocation des ressources hospitalières, l’instauration des mesures de précaution additionnelles dans l’ensemble du réseau de la santé et de désigner les éclosions nosocomiales en temps réel dans les établissements de soins de courte et de longue durée», conclut le D^r Grandjean Lapierre. 

Soulignons que cette équipe du CRCHUM est également composée de Floriane Point, assistante de recherche, des D^rs Philippe Morency Potvin, Cécile Tremblay, François Coutlée et Patrice Savard ainsi que du chercheur Richard Harrigan, de l’Université de la Colombie-Britannique.